Una de las leyendas más importantes de la francmasonería atribuye a Hiram Abif, mítico arquitecto del Templo de Salomón en Jerusalén, la fundación de la orden masónica. Algunos textos retrotraen el origen de la masonería a épocas de aún mayor antigüedad, y llegan a considerar como fundadores a distintas figuras bíblicas, como Tubal-Caín, Moisés, Noé o el mismísimo Adán. Más realistas, pero todavía en el ámbito de lo mítico o de lo pseudohistórico, diversos autores han atribuido este origen a los constructores de las pirámides en el antiguo Egipto, a los Collegia Fabrorum romanos, a la orden de los Templarios, la de los Rosacruces o a los humanistas del Renacimiento.

La hipótesis más aceptada afirma que la francmasonería moderna procede de los gremios de constructores medievales de castillos y catedrales (la llamada masonería operativa ), que evolucionaron hacia comunidades de tipo especulativo e intelectual, conservando parte de sus antiguos ritos y símbolos. Este proceso, que pudo iniciarse en distintos momentos y lugares, culminó a principios del siglo XVIII.

Los constructores o albañiles medievales, denominados masones, disponían de lugares de reunión y cobijo, denominados logias, situados habitualmente en las inmediaciones de las obras. Era común a los gremios profesionales de la época el dotarse de reglamentos y normas de conducta de régimen interior. Solían también seguir un modelo ritualizado para dar a sus miembros acceso a ciertos conocimientos o al ejercicio de determinadas funciones. Los masones destacaron especialmente en estos aspectos.

Los gremios de constructores, albañiles y arquitectos son mencionados en varios de los más antiguos códigos de leyes, incluido el de Hammurabi (1692 adC). Pero suele considerarse que el primer código regulador específicamente masónico fue el que el rey Athelstan de Inglaterra dio a estas corporaciones en el año 926, denominado Constituciones de York. Este manuscrito se perdió en el siglo XV y fue reescrito de memoria por los que lo conocían. Por este motivo, la Carta o Estatutos de Bolonia, redactados en 1248, son el documento masónico original más antiguo que se conoce. Trata de aspectos jurídicos, administrativos y de usos y costumbres del gremio. Le siguen en antigüedad otros documentos, como el Poema Regius o manuscrito Halliwell (1390), el Manuscrito Cooke (1410), el Manuscrito de Estrasburgo (1459), los Estatutos de Ratisbona (1459), los de Schaw (1598), el Manuscrito Iñigo Jones (1607), los de Absolion (1668) y el Sloane (1700). Todos estos manuscritos se refieren a la masonería "operativa" o gremial, de la que especifican sobre todo las reglas del "oficio, y los historiadores suelen referirse a ellas en un sentido genérico como "constituciones góticas".

Respecto a los rituales masónicos, el primer documento de relevancia del que disponen los historiadores se refiere a una de estas organizaciones de la construcción que es particular de Francia, el Compañerismo o Compagnonnage, y data de 1655. Sin embargo, ya desde 1630 aparecen distintos documentos que aluden a los usos rituales de la masonería escocesa. El ritual masónico completo más antiguo que se conoce es el manuscrito denominado Archivos de Edimburgo, que data de 1696.

Con la evolución de la sociedad y las transformaciones económicas, la mayor parte de las logias de la "masonería operativa" dejaron poco a poco de ejecutar obras materiales, transformándose en organizaciones fraternales, pero conservando, en parte, sus usos y costumbres tradicionales. La francmasonería especulativa es el producto de esta transformación. Desde el siglo XVII, algunas logias de masones operativos comenzaron a recibir como miembros a personas ajenas al oficio, generalmente clientes, nobles o benefactores. El perfil de estos masones aceptados solía ser el de intelectuales humanistas, interesados por la antigüedad, el hermetismo, las ciencias experimentales nacientes, etc. Las logias de este tipo se convirtieron en un espacio de librepensamiento y especulación filosófica. Si se trata de una transformación radical o progresiva, es algo que los historiadores se cuestionan hoy en día. En cualquier caso, al menos en Escocia, el vínculo orgánico entre la antigua masonería y la nueva parece incontestable. Las logias «no operativas» se hacen cada vez más numerosas en Escocia, Inglaterra e Irlanda.

El 24 de junio de 1717, cuatro logias londinenses que llevaban el nombre de las tabernas en que realizaban sus encuentros (La Corona, El Ganso y la Parrilla, El Manzano y El Racimo y la Jarra), se reunieron para formar una agrupación común. Denominaron a la nueva organización Gran Logia de Londres y de Westminster, y su primer Gran Maestro fue Anthony Sayer. La creación de esta nueva institución supuso un salto significativo en la organización de la masonería, que trascendió así del ámbito logial. Formada en parte por miembros de la Royal Society próximos a Isaac Newton, la nueva Gran Logia se dotó en 1723 de una Constitución redactada por dos pastores protestantes: Jean Theóphile Désagulliers y James Anderson, quien, como compilador, dio nombre a las que se conocen como Constituciones de Anderson. Más allá de las diferentes interpretaciones que se dan sobre el alcance de elementos concretos del texto de las Constituciones, la mayoría de los autores coinciden en resaltar el espíritu de tolerancia y no sectarismo que anima el conjunto, destacando su deseo de presentar a la masonería como un "centro de unión" entre todos los hombres, cualesquiera que sean las razas, opiniones y creencias que los distingan.

El ritual practicado por la primera Gran Logia, aunque enriquecido y desarrollado, era perfectamente conforme a los usos escoceses "sobre todos los puntos de la Masonería", tal como lo atestigua el acta de la visita de Désaguliers a la logia Mary´s Chapel el 24 de agosto de 1721. Los rituales de esta primera Gran Logia se conocen por una obra publicada en 1730, La masonería diseccionada (Masonry Dissected), que los reveló al público, y generó gran escándalo entre los miembros de la orden.

Pese a que la creación de la Gran Logia de Londres generó reacciones contrarias por parte de algunos sectores de la masonería operativa inglesa, el nuevo modelo masónico se extendió rápidamente por Europa y América con la creación, en los años siguientes, de la Gran Logia de Irlanda en 1725, la primera Gran Logia de Francia entre 1726 y 1730, la Gran Logia Provincial de Pennsilvania en 1731, la Gran Logia Provincial de Massachussets en 1733 y la Gran Logia de Escocia en 1736.

Los Iluminados fueron una de las muchas sociedades y asociaciones caracterizadas por la formación del fenómeno moderno de la opinión pública durante la ilustración, tal como Jürgen Habermas describió en 1962 en Historia y crítica de la opinión pública. Durante las castas sociales premodernas sucedía en la iglesia o en la corte y pervivía ahora: la posibilidad de traspasar las fronteras estamentales para reunirse en niveles sociales al menos a priori igualitarios, en las sociedades lectoras, o diveras asociaciones cartitativas (como las sociedades de amigos del país), en los francmasones y los rosacrucianos o incluso en las sociedades secretas como los Iluminados.

A diferencia de otras sociedades, los Iluminados tenían un programa político explícito, mientras que entre los francmasones por ejemplo son indeseables las disputas religiosas, confesionales o políticas. También se reconocen los masones por su afiliación, y no son pues, a diferencia de los iluminados, estrictamente secretos. Aunque los Iluminados adoptaron aspectos masónicos como la logia y la jerarquía, también es cierto que ni pertenecían a la misma orden ni cooperaban en organizaciones francmasónicas nacionales, como la gran logia o el gran oriente.

Para infiltrarse mejor en ellos, Knigge dotó a la orden de una estructura apoyada en la masona con grados titulados muy imaginativamente, y cada uno de los cuales tenía su propio ritual iniciático y "secretos", que se les revelaba a los iniciados: un "criadero" que introduciría novatos en la esencia de la logia y la sociedad secreta, compuesta de los grados "novicio", "minerval" (deriv. de Minerva), e "iluminado menor". La "clase masona" tomada de la masonería contenía el grado "peón", "oficial", "maestro", "iluminado mayor" e "iluminado regente". Coronaba la orden la clase mistérica, compuesta por en los grados "sacerdote", "Regent", "Magus" y "Rex" y cuyos reglamentos y ritos, debido al breve tiempo que supervivió, no llegaron a redactarse.

Asimismo, como mistificación de gran efecto publicitario, cada miembro de la orden recibe al iniciarse un nombre secreto (o de guerra), que nunca era cristiano, o como mínimo, de origen ortodoxo: Weishaupt se llamó así mismo con el significativo nombre de Espartaco, el cabecilla de las revueltsa esclavas romanas; Knigge era Filón de Alejandría, un filósofo judío; Goethe recibió el nombre Abaris, por un mago escita. También la geografía recibía nombres secretos (Múnich, p. ej., se llamaba Atenas; el Tirol, Peloponeso; Frankfurt era Edessa; e Ingolstadt, Eleusis). Incluso hasta la fecha se indicaba según un calendario secreto de nombres mensuales persas y cuya numeración anual comenzaba en el 632.

Los nombres de la orden contribuían a la igualdad entre iluminados: ya que los dos primeros grados sólo se llamaban por los nombres de la orden, no podían saber unos de otros, quién era noble, quién burgués, quién profesor universitario, quién sólo camarero o estudiante. Aparte de esto, formaban parte de un rígido programa educativo, que la orden le imponía a sus miembros. Cada iluminado debía no sólo darle explicaciones a su tocayo espiritual, sino que también recibía de los superiores de la orden una cuota literaria mensual, en la que obras deísticas e ilustradas ocupaban un lugar principal y en grado creciente. Su evolución moral y espiritual debía además que hacerla constar en un diario llamado cuaderno Quibuslicet. En caso de que estuvieran mal hechos o no contuvieran los avances previstos, respondía el mando de la orden con una carta de reproche.

Junto a la completa igualdad dentro de los grados, había una división jerárquica entre los distintos escalafones muy marcada. Esta dejaba mostrar ya en los juramentos, que cada iniciando debía prometer solemnemente.

Eterno silencio firme lealtad fidelidad y obediencia a todos los superiores y estatutos de la orden

Además de la estricta jerarquía había que añadir la estructura esotérica de la orden, lo que significa que a los novatos se les engañaba conscientemente sobre esta auténtica meta. En la "guardería" significaría que el nuevo no era para nada el objetivo de la orden.

Para socavar los regímenes terrenales o espirituales, apropiarse del dominio mundial y etcétera. De haberse imaginado nuestra sociedad desde esos puntos de vista, o si han entrado con esas intenciones, se han engañado completamente.

Porque en los grados superiores de la orden se les revelaría el "mayor de todos los secretos",

que tantos desean con ansia, tan a menudo han buscado estérilmente, el arte, de regir a los hombres, de conducirlos a lo bueno […] y después guiarlo todo, con lo que los hombres hasta ahora sueñan y sólo a los más iluminados les parece posible.

El arcano más profundo de los Iluminados era pues su propio sistema de dominio moral, ya practicado entre los numerarios, pero que debería también aplicarse fuera. Este fraude y tutelage a los miembros de grados inferiores pronto provocó críticas incluso dentro de la orden. Le debían a la meta de Weishaupt, la perfección del individuo por sugerencia de la propia educación y la dirección oculta. La condición a estas mejoras del individuo le parecía que era el conocimiento de todos sus secretos. Esto parece haberlo adoptado de su peor enemigo: los jesuítas, cuya obediencia ciega y su antenta pero efectiva manipulación humana mediante la penitencia. Sobre todo la orden permanecía, como el investigador Agethen constató, unida a sus enemigos por un cruce dialéctico: para emancipar al individuo del dominio mental y espiritual eclesiástico, se aplicó el método jesuítico de examen de conciencia; para transportar al cortejo triunfal ilustrado y de la razón, se tenía un sistema extremo y un montaje místico que recordaba al las ensoñaciones irracionales rosacrucianas; y para finalmente liberar a la humanidad del despotismo principesco y real, se avasallaba a los miembros con un sistema de auténtico control y psicotécnicas totalitarias.